Que se passe-t-il après une infection au SARS-CoV-2, et quand ?

Après avoir été en contact avec une personne porteuse du virus SARS-CoV-2, on se demande souvent si on peut contaminer d’autres personnes et quand un test pourra nous dire si on a été infecté, ou non. Et ceci surtout quand on n’a pas (encore) de symptômes.

Il n’y a pas de réponse unique, car l’évolution d’une infection au SARS-CoV-2 varie fortement suivant le variant (souche historique, Alpha, Delta, Omicron…) et les caractéristiques physiologiques de la personne infectée, notamment sa capacité à lutter contre la multiplication du virus.

En particulier, l’immunité vaccinale varie suivant le type de vaccin, le nombre de doses reçues et le temps écoulé depuis la dernière injection. L’immunité procurée par une précédente infection dépend du type de variant dont il s’agissait ainsi que du temps passé depuis. Tous ces facteurs influencent fortement la vitesse de multiplication du virus et ainsi sa durée d’incubation et le moment où les tests sont en mesure de détecter sa présence.

Nous résumons ci-dessous l’état actuel des connaissances scientifiques sur les périodes entre le contact avec un personne infectée et 1) l’apparition de symptômes, 2) l’infectiosité et 3) la capacité de tests PCR et antigéniques de détecter une infection, et ceci pour trois types de variants (source historique, Delta, Omicron). Nous tenons à souligner que certaines expressions sont encore assez vagues, car il n’existe pas encore de publications scientifiques correspondantes ou que des descriptions qualitatives dans la littérature, notamment pour Omicron. Par conséquent, les périodes indiquées sont floues. Pour faciliter la lisibilité, nous n’indiquons cependant pas de plages dans le texte mais des valeurs moyennes ou médianes avec le qualificatif « environ ».

À partir de quand des symptômes peuvent-ils apparaître?

Avec la souche historique du SARS-CoV-2 (dominante jusqu’au début 2021), on estime que les symptômes, s’ils apparaissent, le font entre 4 et 7 jours après l’infection, avec une valeur moyenne médiane de 5 jours. Une maladie typique dure une à deux semaines, à moins qu’elle n’évolue en covid long.

Les variants Delta et Omicron se multiplient plus rapidement. Les symptômes apparaissent en moyenne 4 jours après une infection avec le variant Delta (dominant de l’été à l’hiver 2021), et déjà après 3 jours dans le cas d’Omicron (dominant dès décembre 2021).

Figure 1 : Périodes pendant lesquelles des symptômes peuvent apparaître après une infection avec SARS-CoV-2 (souche historique, Delta ou Omicron). Les nuances de couleur indiquent la probabilité d'apparition des symptômes. Les cases encadrées indiquent les jours mentionnés dans le texte ci-dessus - mais il s'agit en fait de plages (entre les jours X et Y).

À partir de quand peut-on transmettre le virus, et pour combien de temps?

On devient infectieux entre 1 et 3 jours avant l’apparition d’éventuels symptômes, et on peut le rester pendant une semaine dans le cas de la souche historique. La période d’infectiosité est plus courte avec Omicron, pour lequel la majorité des infections a lieu avant l’apparition éventuelle de symptômes.

En prenant en compte les différentes périodes d’incubation des variants, on peut estimer que la période infectieuse débute environ 3 jours après l’infection pour la souche historique, environ 2 jours pour Delta et déjà 1 jour dans le cas d’Omicron – des infections secondaires sont probablement possibles le jour même.

Figure 2 : Périodes pendant lesquelles on devient contagieux après une infection avec SARS-CoV-2 (souche historique, Delta ou Omicron). Les nuances de couleur indiquent la probabilité d'être contagieux. Les cases encadrées indiquent les jours mentionnés dans le texte ci-dessus - mais il s'agit en fait de plages (entre les jours X et Y).

Quand est-ce qu’un test PCR peut dire si l’on est infecté ou non?

La sensibilité d’un test dépend de la charge virale présente dans le corps à l’endroit du prélèvement (nez, gorge ou salive) et varie ainsi fortement au cours du temps. On considère qu’un test PCR pourra indiquer qu’une personne est positive à peu près au moment où elle devient contagieuse. Cela correspondrait à environ 3 jours après une infection avec une souche historique, 2 jours dans le cas de Delta et 1 jour dans le cas d’Omicron, mais ces indications restent très approximatives.

Un test PCR est très sensible et détectera la présence du virus bien après que la personne aura arrêté d’être contagieuse, pendant une à deux semaines dans le cas d’une infection asymptomatique, et deux à trois semaines ou davantage dans le cas de cas d’une maladie modérée.
On peut noter que la sensibilité des tests PCR du Covid-19 – leur capacité à ne pas rater une infection – approche les 100% lors des évaluations faites en laboratoire, mais qu’elle se réduit à environ 80-90% en pratique, les tests ayant par exemple été réalisés trop tôt.

Figure 3 : Périodes après une infection avec SARS-CoV-2 (souche historique, Delta ou Omicron) pendant lesquelles un test PCR est positif. Les nuances de couleur indiquent la probabilité qu'un test soit positif. Les cases encadrées indiquent les jours mentionnés dans le texte ci-dessus - mais il s'agit en fait de plages (entre les jours X et Y).

Et avec un test antigénique rapide?

Ces tests sont bien moins sensibles que les test PCR (particulièrement dans le cas d’autotests réalisés soi-même), car ils nécessitent une charge virale bien plus importante pour réagir. Cette concentration de virus est atteinte en moyenne environ 3 jours après un test PCR. Cela correspond à environ 6 jours après l’infection dans le cas de la souche historique, 5 jours pour Delta et 4 jours pour Omicron. Néanmoins, la période d’incubation plus courte d’Omicron rend contagieux très rapidement, ce qui peut motiver à effectuer un test rapide sans trop attendre, déjà 2 ou 3 jours après le contact avec une personne infectée, et à le répéter quotidiennement pendant quelques jours en cas de résultat négatif afin de réduire les risques d’un résultat faussement négatif.

Figure 4 : Périodes après une infection avec SARS-CoV-2 (souche historique, Delta ou Omicron) pendant lesquelles un test rapide antigénique est positif. Les nuances de couleur indiquent la probabilité qu'un test soit positif. Les cases encadrées indiquent les jours mentionnés dans le texte ci-dessus - mais il s'agit en fait de plages (entre les jours X et Y).

La sensibilité des tests rapides est moins grande qu’avec les PCR, et varie suivant les fabricants, notamment pour Omicron. Certains tests le détectent bien, d’autres pas. Il se pourrait qu’Omicron se multiplie davantage dans la gorge, et quelques avis inofficiels ont recommandé d’effectuer un double prélèvement dans la gorge et dans les narines afin de réduire les chances d’un faux négatif qui raterait une infection.

Les tests ont une spécificité – la capacité à ne pas délivrer de résultat faussement positif chez une personne qui n’est pas infectée – extrêmement élevée, environ 98%-99% pour les PCR et jusqu’à 99,9% pour les tests antigéniques rapides. Néanmoins, le fait que la prévalence d’une maladie parmi la population est rarement très élevée induit mathématiquement des taux de faux positifs considérables en pratique. Dans le cas du Covid-19, ils peuvent approcher ou dépasser les 50% pour une prévalence d’une personne sur mille infectée par le SARS-CoV-2, ce qui justifie le fait de répéter le test ou de le confirmer par un test PCR.

Texte et graphiques: Daniel Saraga (Saraga Communications)
Éditeurs: Jean-Paul Bertemes, Michèle Weber (FNR)
Vidéo: Steve Gerges
Un grand Merci également à Prof. Markus Ollert du Luxembourg Institute of Health (LIH) pour son avis.