Infections respiratoires : sommes-nous plus malades depuis la pandémie ?

Au cours des deux derniers hivers, l’inquiétude était grande quant au nombre d’infections respiratoires, dont font partie les rhumes.

Mais est-ce que ce nombre était vraiment plus élevé ? Ce sentiment se laisse-t-il confirmer par des données scientifiques ? Et de quelles périodes parlons-nous ? Une comparaison avant/après la pandémie est-elle possible ?

Nous avons parlé avec Joël Mossong, Epidémiologiste à la Direction de la Santé du Luxembourg, sur les données disponibles au Luxembourg ainsi que sur des données internationales.

Joël Mossong, Épidémiologiste

Nous résumons dans le paragraphe suivant les grands points pour ceux qui ont peu de temps. Plus bas, vous trouverez plus de détails et d’explications sur les différentes infections respiratoires, les données disponibles et leurs interprétations possibles.

Résumé

Il n’est pas possible de répondre avec certitude si nous avons plus d’infections respiratoires après la pandémique qu’avant la pandémie, à cause de certaines limitations dans la collecte des données et des changements dans le dépistage. Néanmoins, on peut faire les constats suivants sur base des données disponibles, et selon Joël Mossong :

L’essentiel des connaissances scientifiques sur les infections respiratoires depuis la pandémie :

• Il semble bien y avoir eu une recrudescence de certaines infections respiratoires ces deux derniers hivers partout dans le monde - et aussi au Luxembourg - par rapport aux deux années de pandémie, dont la raison principale est la levée des restrictions sanitaires.
• Pour les infections respiratoires causées par des bactéries, il semblerait qu’il y ait une recrudescence des infections aux mycoplasmes et de la coqueluche durant l’hiver 2023/2024. Ces deux types de bactéries circulent de manière cyclique avec des pics tous les 3 à 7 ans.
• Bien que l’activité des virus influenza est retournée après la pandémie, les cas de grippe reportés en Europe restent en moyenne en-dessous des chiffres des années pré-pandémiques.
• Après une recrudescence en hiver 2022/2023, le nombre d’hospitalisations d’enfants avec une bronchiolite causée par le virus virus respiratoire syncytial (VRS) a chuté au Luxembourg en 2023/2024 (il faut noter que les bébés sont vaccinés après la naissance depuis 2023).
• Le COVID-19 est devenu une infection respiratoire supplémentaire, le virus SARS-CoV-2 étant capable de réinfecter les individus.
• L’impact du SARS-CoV-2 sur le système immunitaire n’est pas encore totalement élucidé.
• Les mesures sanitaires en 2020 et 2021 pourraient avoir créé une « dette immunitaire » (explications plus bas), ce qui nous rendrait plus susceptible aux infections, surtout chez les enfants qui sont nés peu avant ou pendant la pandémie.
• La santé psychique (affectée par la pandémie) et la perturbation du microbiome à la suite d’une infection au SARS-CoV-2 sont étudiées en tant que facteurs susceptibles d’influencer la recrudescence d’infections respiratoires.
• Les mesures utiles pour se protéger des rhumes restent valables : lavage de mains, bonne ventilation des pièces de vie et des espaces publics.
• La meilleure façon de protéger les personnes à risque d’une infection grave au SARS-CoV-2, au virus de la grippe ou au virus respiratoire syncytial (le VRS, responsable de la bronchiolite) est l’immunisation.

Les limitations qui ne permettent pas de répondre de façon certaine si oui ou non nous sommes plus malades qu’avant la pandémie :

• Tout d’abord, il convient de rappeler que pour connaître l’évolution épidémiologique (à l’échelle des populations et dans le temps) d’une maladie quelconque, il faut attendre d’avoir recueilli un nombre suffisant de données sur plusieurs années d’affilée. 
• La liste des agents pathogènes pouvant provoquer une infection respiratoire aigüe (ou les rhumes) est longue et il n’est pas évident d’identifier le pathogène précis sur la base des symptômes d’un patient. Beaucoup de ces différents types de virus respiratoires provoquent des symptômes cliniques très proches.
• La plupart de ces agents pathogènes ne sont ni testés, ni reportés par le système de soins car on guérit spontanément de la majorité de ces infections, le plus souvent sans intervention médicale (sauf des médicaments qui soulagent les symptômes comme p .ex. le paracétamol). Des données épidémiologiques précises sur le « rhume » en général sont donc difficiles à compiler.
• Durant la pandémie, le nombre de consultations de médecine générale a sensiblement baissé dans la plupart des pays européens ; après la levée de l’état d’urgence sanitaire, en revanche, les systèmes de surveillance des virus saisonniers mis en place durant la pandémie ont favorisé le testage à grande échelle de plusieurs pathogènes auparavant moins monitorés.
• Il y a donc un biais dans la collecte des données sur les infections respiratoires : comme l’on teste beaucoup plus maintenant qu’avant la pandémie, on obtient plus de résultats positifs. Une comparaison juste avant/après la pandémie n’est donc pas possible.
• Grâce à l’analyse des eaux usées, le Luxembourg obtient également des chiffres pour la présence de certains virus dans la population (virus de la grippe (Influenza), le VRS, le SARS-CoV-2) depuis le début de la pandémie. Malheureusement, ces analyses n’ont pas été effectuées de façon aussi systématique avant la pandémie ; encore une fois, une comparaison avant/après n’est pas faisable.
• Certaines infections ont des évolutions cycliques sur plusieurs années : c’est le cas pour les pneumonies causées par la bactérie Mycoplasma pneumoniae et pour la coqueluche. Cela ne veut pas dire qu’une recrudescence sur plusieurs hivers d’affilée soit un phénomène anormal.
• Et enfin, les chiffres peuvent varier grandement d’un pays à l’autre, ce qui est d’autant plus vérifiable à la suite des mesures sanitaires prises par les pays durant la pandémie, et dont l’impact sur les virus hivernaux est bien documenté et varie selon l’ampleur des mesures.

Une grande diversité de « rhumes » : le rhume, qu’est-ce que c’est ?

Il existe différents types d’infections respiratoires aigües et ils affectent aussi bien les voies aériennes supérieures (nez, gorge) que les inférieures (bronches, poumons). Ces infections,  que l’on appelle communément « rhume » sont principalement causées par plus de 200 virus différents.

L’infection respiratoire la plus courante est le rhume classique, ou la rhinopharyngite, une infection bénigne des voies respiratoires supérieures (nez, sinus, gorge). La rhinopharyngite est causée notamment par des adéno- et rhinovirus ainsi que des coronavirus (dont le SARS-CoV-2).

La rhinopharyngite est à différencier de la grippe, ou influenza, une maladie infectieuse hautement contagieuse causée par les virus Influenza.

La rhinopharyngite est également à différencier de :

• La bronchite aïgue (une infection ou inflammation des bronches), causée le plus souvent par des rhinovirus, des coronavirus et les virus de la grippe,
• La bronchiolite (qui atteint surtout les nourrissons), causée par le virus respiratoire syncytial (VRS),
• La pneumonie (une atteinte plus grave des voies respiratoires inférieures, dont font partie les poumons).   

Certaines infections respiratoires aiguës comme des angines ou des pneumonies peuvent également être provoqués par des bactéries telles que les mycoplasmes, streptocoques ou pneumocoques. 

Attrapons-nous dans le monde vraiment plus d’infections respiratoires depuis la pandémie par rapport à l’époque pré-pandémique ?

Il n’est toutefois pas possible de faire une comparaison directe entre les statistiques obtenues AVANT la pandémie et APRÈS la pandémie, pour différentes raisons, entre autres :

• Les programmes de surveillance ont évolué depuis la pandémie
• Plus de tests ont été effectués à la suite de la pandémie

Selon Joël Mossong, les scientifiques nécessitent également plus de recul afin d’évaluer l’évolution future de la COVID-19. En revanche, les taux d’infection des pathogènes tels que les virus Influenza, le VRS et les virus responsables de la rhinopharyngite bénigne de l’adulte sont revenus à des niveaux pré-pandémiques dans l’hémisphère Nord, avec une évolution saisonnière classique.

Image 1 : Proportion hebdomadaire d’échantillons positifs pour Influenza par saison et par semaine dans l’UE/UEE, de 2014/15 à 2023/24. Source: ECDC

Selon le rapport du Robert Koch Institut pour la saison 2023/2024, l'incidence des infections respiratoires due au VRS en Allemagne a été pendant quelques semaines supérieure à celle des années prépandémiques à la même période. Mais à partir de la semaine 50, elle est redevenue comparable à la valeur de l'année précédente. Une comparaison aux années pré-pandémiques n’est là encore pas faisable, pour les raisons mentionnées plus haut.

Au Luxembourg, les rapports hebdomadaires REVILUX (REspiratory Viruses in LUXemburg, cf. Infobox) duLaboratoire National de Santé font également état d’une augmentation des infections respiratoires supérieures ces deux derniers hivers par rapport aux deux années précédentes, avec un retour à la normale durant les semaines estivales de 2024.  Les autorités sanitaires ont également constaté un nombre plus élevé de consultations pour des infections des voies respiratoires supérieures (« influenza-like illness ») ces deux derniers hivers, souvent associées à une augmentation des infections virales saisonnières.

Le graphique ci-dessous illustre la progression saisonnière et annuelle de telles infections respiratoires (Influenza-like Illness) au Luxembourg (ligne grise : 2020-2021 ; lignes noire, bleue et rouge : 2021 à 2024).

Image 2 : Pourcentage de patients avec « influenza-like illness » au cours des trois dernières saisons. Les couleurs de fond indiquen l'intensité de la circulation: niveau de base, faible, moyen, élevé, très élevé. Source: REVILUX.

Le graphique ci-dessous montre de façon plus précise l’évolution par pathogène des infections respiratoires au cours des années 2022-2024.

Image 3 : Distribution des virus respiratoires détectés au sein du réseau Sentinel par semaine. Source : REVILUX.

Au Luxembourg, on a également constaté une augmentation des cas d’infection avec la bactérie Mycoplasma pneumoniae et des cas de coqueluche durant l’hiver 2023/2024.

Image 4 : Nombre de patients avec un test PCR positif pour Mycoplasma pneumoniae (ligne noire) et taux de positivité (barres bleues) par mois. Source : REVILUX.

Et enfin, les estimations d’EuroMOMO sur la mortalité (toutes causes confondues) en Europe font état d’une longue période de surmortalité (2020 à 2023) qui s’est normalisée durant l’hiver 2023-2024. Selon Joël Mossong, « la surmortalité de la saison hivernale 2023-2024 est négligeable en Europe ».

Les données de 25 pays européens ont été incluses dans cette analyse. La mortalité est un indicateur fondamental de la santé, mais il n’est pas spécifique et ne renseigne pas sur les causes. Il est néanmoins essentiel dans le domaine de la santé publique car il fait fonction d’alerte.

Le graphique ci-dessous illustre les données de 25 pays européens qui ont été incluses dans l'analyse groupée de la surmortalité toutes causes confondues entre 2022 et 2024.

Image 5 : La courbe bleue montre les écarts de mortalité par rapport aux valeurs attendues (zone grise), mettant en évidence les périodes de surmortalité marquées, notamment en hiver, ainsi que les variations saisonnières. Source: EuroMOMO

Et ailleurs ? L’Europe n’est pas la seule à surveiller de près la recrudescence des infections respiratoires ces deux derniers hivers, par rapport aux années pandémiques et prépandémiques. En Chine, la situation est telle que L'OMS a adressé une demande officielle au gouvernement chinois fin 2023 pour obtenir des informations détaillées sur l'augmentation des maladies respiratoires et les cas de pneumonie, en particulier chez les enfants.

En revanche, « le taux d’infections liées à la grippe dans l’hémisphère Sud a été comparable à l’époque pré-pandémique durant toute la saison hivernale », selon Joël Mossong.

Comment expliquer cette recrudescence d’infections respiratoires saisonnières depuis la levée des restrictions sanitaires ?

Il y a plusieurs raisons possibles à une recrudescence des infections respiratoires saisonnières : d’une part, le manque d’exposition aux virus durant la pandémie, dû aux mesures sanitaires (confinements, port de masque, lavage de mains…). Or les virus mutent en permanence, une exposition régulière protège donc d’une surréaction en cas de contact et permet d’acquérir une immunité passagère.

Une autre raison est que le SARS-CoV-2 constitue un nouvel agent pathogène, qui vient se surajouter à ceux déjà en circulation. Selon les pays, le taux de COVID dans les infections respiratoires signalées atteint jusqu’à 25% des cas.

Concernant les enfants, il est possible que nombre d’entre eux n’aient pas encore été pleinement exposés à certains de ces agents pathogènes, car leur circulation a été réduite pendant la pandémie. Dans certains pays, le personnel des crèches, écoles et autres lieux de garde ont dû porter le masque ; le contact avec les autres enfants a également été fortement réduit pendant le confinement. Or les enfants les plus touchés actuellement (les moins de 5 ans, selon les données de l’OMS) sont précisément ceux qui sont nés au début de la pandémie. Ils rattrapent désormais ce retard d’exposition, ce qui se traduit par des rhumes à répétition. C’est la fameuse « dette immunitaire ».

Concernant l’infection par Mycoplasma pneumoniae : cette bactérie tend à circuler plus intensément certaines années, tous les 3 à 7 ans environ. La forte augmentation constatée au cours de l’hiver passé n’est pas forcément anormale ; il faudra attendre les chiffres des prochaines années pour le savoir.

Il en va de même pour la coqueluche bien qu’un certain déficit de vaccinations chez les enfants et adolescents durant la pandémie pourrait être une raison parmi d’autres de sa recrudescence.

Mais qu’en est-il des autres hypothèses, notamment celle de l’affaiblissement du système immunitaire, ou de la modification du microbiome suite à une infection au SARS-CoV-2 ?

Une infection au SARS-CoV-2 affaiblit-elle notre système immunitaire ?

Joel Mossong est catégorique : « Non, le virus ne rend pas plus sensible aux autres pathogènes. Ce n’est ni la rougeole, ni le VIH. » 

Cependant, les scientifiques examinent certaines anomalies du système immunitaire en lien avec des infections graves avec SARS-CoV-2.

Quant au Covid Long, il ne se caractérise pas par une susceptibilité accrue à d’autres infections mais par une fatigue persistante, des maux de tête, le Brain Fog…

Une autre hypothèse est que la COVID-19 induit une perturbation du microbiote, donc l’ensemble des bactéries qui colonisent notre corps. Un microbiote diversifié est étroitement lié à un bon fonctionnement du système immunitaire. Des perturbations dans la composition du microbiote pourraient être à l’origine de problèmes diverses, y inclus du système immunitaire.

« Rien ne démontre une telle perturbation pour l’instant », dit Joël Mossong sur ce sujet. Et même si elle existe, il faudrait savoir si elle persiste dans le temps, et quel est son impact sur le fonctionnement du système immunitaire.

Pour mieux comprendre les conséquences de la pandémie au SARS-CoV-2, peut-on s’aider des expériences d’épidémies ou pandémies passées ?

Difficilement.

Joel Mossong répond ainsi : « Ce n’est pas si simple ! D’une part, nos méthodes de mesure ont changé. On teste mieux, différemment maintenant. Avant on utilisait uniquement le taux de surmortalité, qui n’est pas spécifique. En tant qu’épidémiologiste, j’ai été interloqué par le fait que le virus nous ait autant surpris, le virus initial aussi bien que la succession très rapide de vagues dues à de nouveaux variants, les vagues estivales, l’apparition d’Omicron… En tant que chercheur, ça donne une certaine humilité : comment une pandémie arrive-t-elle à sa fin ? Il a fallu rester vigilant jusqu’au bout, attendre et ne pas se fier aux projections. L’évolution du virus n’était pas du tout prévisible. « 

Et concernant les mesures sanitaires, qualifiées parfois « d’archaïques » ?

Son conseil : « Concernant la prochaine pandémie : il faudra de nouveau beaucoup d’humilité. »

En effet, d’une part, les virus diffèrent, leur mode de propagation, leur létalité et leurs symptômes également. Il y a deux exemples bien connus qui illustrent cette disparité : Ebola, un virus particulièrement contagieux dont le taux de létalité est extrêmement élevé (pas loin de 90% pour certaines souches) ; cela l’empêche de se propager efficacement, car ses hôtes décèdent vite et souvent n’ont pas le temps de disséminer le virus. A l’inverse, le VIH peut coloniser son hôte pendant des années, voire des décennies avant de devenir fatal. Cette épidémie-là a donc fait bien plus de morts et continue de sévir dans de nombreux endroits du monde.

D’autre part, la densité de population et les mesures d’hygiène varient d’une époque à une autre et d’une zone géographique à une autre, ce qui rend la comparaison malaisée.

En conclusion, les conséquences de la pandémie au SARS-CoV-2 nécessiteront d’autres études, et seul un recul suffisant apportera des réponses claires et fondées aux questions actuelles.

Auteur : Diane Bertel
Éditeur et co-auteur : Michèle Weber (FNR)